Penerbit Nusa Indah berada di jantung kota Ende, Flores Nusa Tenggara Timur (NTT). Dilihat dari catatan sejarah bahwa Bung Karno, Proklamator dan Presiden Pertama Republik Indonesia, pernah diasingkan di kota ini. Sebagai Penerbit Buku yang telah menjadi legenda di tanah Flobamora, Penerbit Nusa Indah pernah mengalami masa keemasan yang tidak pernah dilupakan dan pernah mengangkat Nusa Tenggara Timur dalam usaha penerbitan buku berkualitas hingga dipasarkan secara Nasional.

Penerbit Nusa Indah bermula dari berdirinya Percetakan Arnoldus yang digagas oleh Pater Petrus Noyen, SVD pada tahun 1926 di Ende, yang merupakan percetakan pertama di Pulau Flores yang kala itu menggunakan mesin percetakan yang didatangkan dari Jerman. Saat ini, Percetakan Arnoldus merupakan unit perusahaan PT. Arnoldus Nusa Indah (PT ANI) yang masih terus beroperasi dan bersaing dalam bidang percetakan saat ini untuk wilayah Flores dan sekitarnya. Manajemen PT. ANI yang dijalankan oleh Serikat Sabda Allah, sebuah Serikat Religius dan Misionaris Katolik yang secara internasional dikenal dengan nama Societas Verbi Divine (SVD).Nama Percetakan “Arnoldus” diambil dari nama St. Arnoldus Janssen, pendiri ordo SVD. Pada tanggal 21 Juni 1926, PT. ANI meluncurkan cetakan pertama yaitu buku doa yang disusun dalam bahasa Melayu yang berjudul Sende Aus yang artinya Utuslah. Untuk itu, dibentuk sebuah badan (divisi) biro naskah yang telah menerbitkan berbagai buku keagamaan dan keterampilan.Berawal dari Biro Naskah ini, maka lahirlah Penerbit Nusa Indah.Dengan berbagai persiapan akhirnya pada tahun 1970, Pater Alex Beding, SVD mendirikan Penerbit Nusa Indah yang dalam satu dasawarsa menjadi satu-satunya penerbit terkemuka di kawasan Timur Indonesia. Penerbit Nusa Indah pada awalnya menerjemahkan buku-buku asing dalam bidang kerohanian untuk memenuhi kebutuhan rohaniawan dan seminari. Dalam perjalannya, Penerbit Nusa Indah makin berkembang dengan terbitan buku-buku rohani dan juga merambah ke penerbitan buku-buku tentang pertanian, sastra, bahasa, novel, dan kamus. Untuk menjawab kebutuhan masyarakat NTT akan informasi khususnya anak-anak, pada Oktober 1973, Nusa Indah menerbitkan Majalah Bulanan Anak Kunang-Kunang, dengan motto “Mencerdaskan Anak Bangsa”. Sampai sekarang Kunang-Kunang tetap terbit. Sesuai dengan perkembangan zaman, isi dan tampilan Kunang-Kunang disesuaikan dengan kondisi anak-anak sekarang.

“Nusa Indah” semula adalah nama perpustakaan kecil dan kemudian dijadikan sebagai nama sebuah toko buku yang dikelola oleh Bruder Vitalis, SVD. Toko buku ini menjual buku-buku yang dicetak oleh Percetakan Arnoldus. Hingga kini, Toko Buku yang berlokasi di Jalan Katedral No. 5 Ende ini masih bisa dikunjungi untuk membeli buku-buku terbitan Nusa Indah. Sebelum menjadi penerbit, pada tahun 1960-an, nama Nusa Indah sudah dicantumkan dalam buku-buku cetakan Percetakan Arnoldus bersanding dengan label Percetakan Arnoldus. Misalnya Arnoldus-Perpustakaan Nusa Indah atau Percetakan Arnoldus-Penerbit Nusa Indah.Memasuki tahun 1970, pencantuman nama dan label Nusa Indah pada buku-buku tidak lagi selalu disanding pada nama Percetakan Arnoldus, sementara logo pun mulai dipakai secara teratur. Pada tahun tersebut, Nusa Indah telah berfungsi sebagai badan lektorat yang secara mandiri mengolah naskah-naskah layak terbit. Sementara itu, percetakan Arnoldus hanya memeroses pencetakannya. Pada tanggal 1 April 1970 merupakan momentum bersejarah yang diperingati sebagi hari lahir Penerbit Nusa Indah. Penerbit Nusa Indah adalah satu-satunya penerbit di Indonesia Timur yang masuk IKAPI (Ikatan Penerbit Indonesia) pada era 1980-an dan pada era 1990-an Nusa Indah juga menggunakan ISBN (International Standar Book Number) dan sempat juga memiliki kantor cabang di Jakarta dan Surabaya. Penerbit Nusa Indah Ende merupakan lembaga milik Gereja Katolik sama halnya dengan penerbit lokal dan nasional lainnya seperti Penerbit Bina Media Medan, Penerbit Kanisius Yogyakarta, dan Penerbit Obor Jakarta.

Berbagai perkembangan pun terjadi dalam perjalanan di tahun-tahun sesudahnya. Tugas kepemimpinan beralih dari satu orang ke orang yang lain. Selain Pater Alex Beding, SVD, terdapat sejumlah nama yang pernah memimpin Penerbit Nusa Indah yaitu, Sr. Lucia Regina, SSpS, P. Henri Daros, SVD, P. Lukas Batmomolin, SVD, Bpk. Lukas Lege, P. Laurens Olanama, SVD, dan sejak 24 Juni 2013 kepemimpinan berada di tangan P. Hendrik Kerans, SVD.